Wenn Du auf dem POP3-Konto im Büro einstellst, dass die Mails nicht auf dem Server belassen werden sollen, müsste das eigentlich alle gelesenen Mails auf dem Server löschen. Du hast sie dann auf dem Büro-PC und kannst sie dort in die Datensicherung einfließen lassen.
Dann POP3 wieder umstellen auf Mails auf dem Server belassen und es kann weiter gehen. Auf dem Server ist dann erst mal nichts mehr.
Ich in mir nur nicht ganz sicher, ob Thunderbird wirklich die bereits gelesenen Mails auf dem Server löscht. Kann auch sein, dass die liegen bleiben, weil Thunderbird sich mit denen schon mal befasst hat.